Journal of Research & Applied Medicine

Las proteasas virales desempeñan un papel crucial durante el ciclo replicativo de diversos virus, lo que las convierte en blancos clave para el diseño de fármacos antivirales.
En este trabajo, describimos el desarrollo y la optimización de un ensayo in vitro para medir la actividad enzimática de la proteasa del virus chikungunya.
Para este ensayo, fue preciso disponer de la proteasa viral recombinante y de un sustrato sintético que imita uno de los sitios de corte naturales.
La expresión de ambas proteínas se realizó utilizando la cepa Rosetta de Escherichia coli, la cual está optimizada para mejorar la expresión de proteínas que contienen codones raros. La purificación se llevó a cabo mediante cromatografía de afinidad y permitió obtener ambas proteínas en forma pura y con alto rendimiento.
Los experimentos de validación mostraron que el ensayo de actividad enzimática es robusto, cuantitativo y nos permite seguir la actividad enzimática en el tiempo.
Nuestros resultados destacan el potencial de este método como herramienta para la caracterización de nuevos compuestos antivirales contra el virus chikungunya, y pueden servir en el desarrollo de ensayos para estudiar otras proteasas virales.

Viral proteases play a crucial role during the replication cycle of various viruses, making them key targets for antiviral drug design. In this work, we describe the development and optimization of an in vitro assay to measure the enzymatic activity of the chikungunya virus protease. For this assay, the recombinant viral protease and a synthetic substrate that mimics one of the natural cleavage sites were required. Expression of both proteins was performed using the Rosetta strain of Escherichia coli. coli, which is optimized to improve the expression of proteins containing rare codons. Purification was carried out by affinity chromatography and allowed obtaining both proteins in pure form and with high yield.
Validation experiments showed that the enzyme activity assay is robust, quantitative and allows us to follow enzyme activity over time.
Our results highlight the potential of this method as a tool for the characterization of new antiviral compounds against the chikungunya virus, and may be useful in the development of assays to study other viral proteases.

La Inflamación Crónica por disbiosis produce un desequilibrio de la respuesta del sistema nervioso autónomo (SNA) que implica menor adaptación a esta condición, afectando la calidad de vida de pacientes con enfermedades crónicas.

Chronic inflammation due to dysbiosis produces an imbalance in the response of the autonomic nervous system (ANS) that implies less adaptation to this condition, affecting the quality of life of patients with chronic diseases.

Este estudio investiga el impacto de las metodologías de secuenciación en la composición microbiana y la dinámica funcional en el contexto de los patrones dietéticos. Al analizar las mismas muestras de heces utilizando tanto el ARNr 16S como la metagenómica shotgun, descubrimos discrepancias significativas en la resolución taxonómica, ya que la metagenómica shotgun identificó una gama más amplia de microorganismos, incluidos 22 filos y 1489 especies, en comparación con los 15 filos y 509 especies identificados por el ARNr 16S. Nuestros resultados resaltan la dependencia de las abundancias microbianas en la metodología de secuenciación, lo que genera inquietudes sobre la generalización de las asociaciones informadas en la literatura. En particular, a pesar de los patrones dietéticos seleccionados aquí, basados en plantas y occidentales, los géneros y filos clave mostraron abundancias relativas marcadamente diferentes, lo que ilustra la complejidad y variabilidad inherentes a la investigación del microbioma. Además, empleamos la metatranscriptómica para diferenciar entre vías metabólicas potenciales y activas, revelando que no todas las vías detectadas a nivel de ADN se expresan activamente, lo que subraya la necesidad de enfoques multiómicos en futuros estudios. El tamaño limitado de la muestra en nuestro análisis limita las comparaciones exhaustivas entre grupos dietéticos, lo que subraya la necesidad de estudios de cohorte más amplios. Este trabajo exige protocolos estandarizados en la investigación del microbioma y destaca la importancia de abordar los sesgos metodológicos de secuenciación, que pueden afectar críticamente las interpretaciones y aplicaciones que buscan el desarrollo de estrategias prácticas para la nutrición personalizada y futuras intervenciones de salud.

This study investigates the impact of sequencing methodologies on microbial composition and functional dynamics in the context of dietary patterns. By analyzing the same stool samples using both 16S rRNA and shotgun metagenomics, we uncovered significant discrepancies in taxonomic resolution, with shotgun metagenomics identifying a broader range of microorganisms, including 22 phyla and 1489 species, compared to the 15 phyla and 509 species identified by 16S rRNA. Our results highlight the dependency of microbial abundances on sequencing methodology, raising concerns about the generalizability of associations reported in the literature. Notably, despite herein selected dietary patterns, plant-based and western, key genera and phyla displayed markedly different relative abundances, illustrating the complexity and variability inherent in microbiome research. Furthermore, we employed metatranscriptomics to differentiate between potential and active metabolic pathways, revealing that not all detected pathways at the DNA level are actively expressed, emphasizing the need for multi-omics approaches in future studies. The limited sample size in our analysis restricts comprehensive comparisons between dietary groups, underscoring the necessity for larger cohort studies. This work calls for standardized protocols in microbiome research and highlights the importance of addressing methodological sequencing biases, which can critically affect interpretations and applications looking for the development of actionable strategies for personalized nutrition and future health interventions.